L'histoire de ce Final Fantasy commence en nous mettant dans la peau de Cloud Strife, ex-Soldat de la compagnie Shinra, et ayant ici rejoint le groupe éco-terroriste d'AVALANCHE, qui lutte contre la Shinra qui pille jusqu'à un quasi épuisement les ressources de la planète : Gaïa. Cloud a rejoint le groupe sur une initiative de son amie d'enfance Tifa Lockheart. Dans cette première mission consistant à faire exploser un des réacteurs Mako de la ville de Shinra, Cloud est accompagné de Biggs, Wedge, Jessy et le chef du groupe Barret Wallace.
Après la mission accomplie, un accident survient à la mission suivante et Cloud tombe, en dessous de la plateforme où se trouve la ville de Midgar, dans les bidonvilles en dessous où il atterit dans un parterre de fleur d'une église où il fera la conaissance d'une charmante jeune femme du nom d'Aeris Gainsborough, qu'il accepte de protéger des Turks (une division spéciale de la Shinra Company).
Le duo retrouvera Tifa au secteur 6, et découvrira que la Shinra veut détruire le secteur 7 en accusant AVALANCHE. Cependant malgré tous les efforts de Cloud, Barret, Tifa et Aeris ils ne pourront empêcher le drâme et la mort de tous les habitants des bidonvilles installés en dessous, dont les autres membres d'AVALANCHE... Et de plus, la Shinra aidé des membres des Turks parviendra à enlever Aeris qui se révèlera être la dernière descendante du peuple des Cétras, et qui selon le président de la Shinra pourrait les conduire à la Terre Promise, où la compagnie pourrait exploiter de nouvelles ressources.
Alors le trio Cloud, Tifa, Barret va se rendre à la tour principale de la compagnie afin de délivrer Aeris qu'ils arracheront des griffes du Docteur Hojo qui faisait des expériences sur elle, ainsi que sur un lion pouvant parler du nom de Red XIII que le groupe libèrera également. Et alors que le groupe de nouveau emprisonné tente de s'échapper ils remarquent que tous les membres de la compagnie sont morts tailladés de coups. Un des seul survivant, le fils du président : Rufus Shinra leur apprendra que le responsable est un homme, censé être mort, du nom de Sephiroth qui a emporté dans sa fuite une créature décapitée du nom de Jénova.
C'est alors que Cloud, Tifa, Barret, Aeris et Red XIII fuient de Midgard dans une folle poursuite à moto, et ils décident de partir à la poursuite de Sephiroth craignant pour ses actes futurs!